企业实行综合计算工时工作制的，应当向企业工商登记注册地的人力资源和社会保障局提出申请。实行以年为周期综合计算工时工作制（包括同时申请实行不定时工作制）的，应当向市人力资源和社会保障局提出申请。

中央直属企业实行综合计算工时工作制的，经国务院行业主管部门审核、报人力资源和保障部批准后，报市人力资源和社会保障局备案。

劳动保障行政部门准予实行综合计算工时工作制的批复可以设定有效期。有效期可以依据企业的申请设定，但最长不超过2年。批复有效期限届满，企业需要继续实行综合计算工时工作制的，应当按照本办法再次提出申请。经批准实行综合计算工时工作制的企业，应当将劳动保障行政部门出具的批复在企业内公示，严格按批复要求执行，并在实施过程中及时听取工会和职工的意见。

劳动部关于印发《工资支付暂行规定》的通知第十三条：经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。 上海市劳动保障局关于印发《本市企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》的通知： 第四条，企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的，应当向企业工商登记注册地的区县劳动和社会保障局提出申请。但企业实行以年为周期综合计算工时工作制（包括同时申请实行不定时工作制）的，应当向市劳动和社会保障局（以下统称劳动保障行政部门）提出申请。中央直属企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的按国家有关规定执行。第五条，申请实行不定时工作制和综合计算工时工作制的企业，应当填写《企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制申请表》并递交下列申请材料：（一） 企业营业执照副本复印件和组织机构代码证复印件；（二） 企业实行不定时工作制或综合计算工时工作制对员工工作和休息安排的计划；对确有必要的，劳动保障行政部门可以要求申请单位提供与实行不定时工作制或综合计算工时工作制相关的职工名册、考勤记录等其他材料。第八条，劳动保障行政部门准予实行不定时工作制或综合计算工时工作制的批复可以设定有效期。有效期可以依据企业的申请设定，但最长不超过2年。批复有效期限届满，企业需要继续实行不定时工作制或综合计算工时工作制的，应当按照本办法再次提出申请。提出申请时，除应按本办法第五条规定递交申请材料外，还应递交企业按原批复执行不定时工作制或综合计算工时工作制情况的说明。 第十条，经批准实行不定时工作制和综合计算工时工作制的企业，应当将劳动保障行政部门出具的批复在企业内公示，严格按批复要求执行，并在实施过程中及时听取工会和职工的意见。