如果员工确有证据证明在孕期，即使合同自然到期，也不能终止，必须续延至孕期（包括可能的产期，哺乳期）结束，才能终止合同。

《劳动合同法》第四十二条，劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：（四）女职工在孕期、产期、哺乳期的。