查封扣押的文件与案件无关，不得查封扣押。根据刑诉法139条规定，与案件无关的财物、文件，不得查封、扣押。同时根据公安机关办理刑事案件适用查封、冻结措施有关规定3条，查封、冻结以及保管、处置涉案财物，必须严格依照法定的适用条件和程序进行。与案件无关的财物不得查封、冻结。查封、冻结涉案财物，应当为犯罪嫌疑人及其所扶养的家属保留必要的生活费用和物品。