公司无故扣押工资是不合法的。根据我国相关劳动法律规定，用人单位存在特定情形的代扣、减发工资行为属于合法行为，而克扣工资属于违法行为。具体来说：

原劳动部发布的《劳动部工资支付暂行规定》第十五条和《对<工资支付暂行规定>有关问题的补充规定》第三条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。但“克扣”不包括以下减发工资的情况：

1、国家的法律、法规中明确规定的；

2、依法签订的劳动合同中有明确规定的；

3、用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的等。

因此，用人单位经过民主程序制定的扣发工资的规定，不属于克扣工资的情形。

各地也出台了相应的合法代扣工资政策，以上海为例，企业不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，企业可以代扣工资：

（一）代缴应由劳动者个人缴纳的个人所得税；

（二）代缴应由劳动者个人承担的社会保险费和住房公积金；

（三）按法院判决、裁定代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

如果企业克扣或者无故拖欠劳动者工资，低于最低工资标准支付劳动者工资，以及安排劳动者加班不按规定支付加班工资的，由人力资源社会保障行政部门责令企业按规定限期支付；逾期不支付的，还应按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

法律依据：

1、原劳动部《工资支付暂行规定》第十五条：用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资： 

（1）用人单位代扣代缴的个人所得税； 

（2）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用； 

（3）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费； 

（4）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

2、原劳动部《对<工资支付暂行规定>有关问题的补充规定》第三条：《规定》第十五条中所称“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资（即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬）。不包括以下减发工资的情况：

（1）国家的法律、法规中有明确规定的；

（2）依法签订的劳动合同中有明确规定的；

（3）用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的；

（4）企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的（但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准）；

（5）因劳动者请事假等相应减发工资等

3、《上海市企业工资支付办法》第二十条：企业不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，企业可以代扣工资：

（一）代缴应由劳动者个人缴纳的个人所得税；

（二）代缴应由劳动者个人承担的社会保险费和住房公积金；

（三）按法院判决、裁定代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

4、《上海市企业工资支付办法》第二十一条：企业克扣或者无故拖欠劳动者工资，低于最低工资标准支付劳动者工资，以及安排劳动者加班不按规定支付加班工资的，由人力资源社会保障行政部门责令企业按规定限期支付；逾期不支付的，还应按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。