公司办理社保减员的，首先缴费企业需要依据劳动合同进行解除、终止劳动关系才能在当月办理减员。减员时有欠费记录的，缴费单位在办理减员需要缴清欠费。如果是当月减员的，企业应该在申报当月社保费前每月1到15日办理当月减员申请；如期后不能申请减员的，下月在办理减员。单位需要作废本月申报数据时，可携带以下资料到主管税务机关办理，作废申报后可以再次申报。作废申报把当月产生的单位申报数据、应征明细数据取消。

以上海为例：

1、参保单位可持“法人一证通”证书登录“上海市人力资源社会保障网自助经办系统”（http://zzjb.rsj.sh.gov.cn/zzjbdl/），办理。参保单位暂无法通过网上或前往社保经办机构办理相关业务的，可以事后申请补办，补办手续最迟应在特定事项（例如疫情）解除后3个月内完成。参保单位在规定期限内补办各类业务的，不影响职工个人权益记录和相关待遇计发，多缴纳的社会保险费可按规定予以清退。

2、解聘材料：《上海市单位退工证明》或《外来从业人员退工备案登记表》或《外来人员退工备案信息》（已办退工登记备案手续的人员无需提供）或能够证明博士后研究人员聘用（劳动）合同（或工作协议）到期等出站材料复印件。注：材料复印件需加盖公章。

法律依据：

《社会保险法》第五十七条：用人单位应当自成立之日起三十日内凭营业执照、登记证书或者单位印章，向当地社会保险经办机构申请办理社会保险登记。社会保险经办机构应当自收到申请之日起十五日内予以审核，发给社会保险登记证件。 用人单位的社会保险登记事项发生变更或者用人单位依法终止的，应当自变更或者终止之日起三十日内，到社会保险经办机构办理变更或者注销社会保险登记。 市场监督管理部门、民政部门和机构编制管理机关应当及时向社会保险经办机构通报用人单位的成立、终止情况，公安机关应当及时向社会保险经办机构通报个人的出生、死亡以及户口登记、迁移、注销等情况。