公司注册地与实际经营地址不一致而没有及时变更会被工商登记机关处罚。

《公司登记管理条例》第七十三条：公司登记事项发生变更时，未按照本条例规定办理有关变更登记的，由公司登记机关责令限期登记，逾期不登记的，处以1万元以上10万元以下的罚款。

《企业法人登记管理条例实施细则》第六十三条：擅自改变主要登记事项，不按规定办理变更登记的，予以警告，没收违法所得，处以非法所得额3倍以下的罚款，但最高不超过3万元，没有非法所得的，处以1万元以下的罚款，并限期办理变更登记；逾期不办理的，责令停业整顿或者扣缴营业执照；情节严重的，吊销营业执照。