公司办理社保减员的，首先缴费企业需要依据劳动合同进行解除、终止劳动关系才能在当月办理减员。减员时有欠费记录的，缴费单位在办理减员需要缴清欠费。

如果是当月减员的，企业应该在申报当月社保费前每月1到15日办理当月减员申请；如期后不能申请减员的，下月在办理减员。单位需要作废本月申报数据时，可携带以下资料到主管税务机关办理，作废申报后可以再次申报。作废申报把当月产生的单位申报数据、应征明细数据取消。